Kapitalnu vrednost Gornjeg Podunavlja svakako ?ini njegova fauna, zbog koje ovo podru?je predstavlja jednu od vaznih ta?aka evropskog biodiverziteta. Sami po?eci zaštite Gornjeg Podunavlja nastali su iz potrebe izdvajanja ovog podru?ja kao zna?ajnog staništa orla belorepana (Haliaeetus albicilla) i crne rode (Ciconia nigra), dve izuzetno retke i ugrožene vrste, ovde nastanjene u izuzetnoj gustini. Za obe vrste Gornje podunavlje je stanište za oko 30% celokupne populacije na teritoriji naše zemlje. Naravno, ovo su samo dve od 248 zabeleženih vrsta ptica na podru?ju ovog prirodnog dobra, iako se sa sigurnoš?u može re?i da je njihov broj daleko ve?i. Karakteristi?ne su mešovite kolonije ?aplji, koje mogu brojati više stotina gnezde?ih parova. Od grabljivica, naro?ito je zna?ajno gnež?enje crne lunje (Milvus migrans) i stepskog sokola (Falco cherrug). Osim za veliki broj gnezdarica, Gornje Podunavlje je izuzetno zna?ajna ta?ka za migraciju populacija sa severa i severoistoka Evrope. Zimi se ovde na?e i preko 60000 primeraka raznih vrsta ptica.

Jedan od istinskih simbola Gornjeg Podunavlja i najatraktivnijih predstavnika evropske faune, jelen (Cervus elaphus), vekovima ve? odoleva svim pritiscima i opstaje na ovim prostorima. Šta više, brojnost jelena se u prethodnom veku pove?ala, ponajviše zahvaljuju?i istrebljenju vuka, njihovog najve?eg prirodnog neprijatelja. ?uvena ekspedicija podunavskim ritovima s kraja XIX veka, u kojoj je u?estvovao i znameniti Alfred Brem, organizovana je od austijskog prestolonaslednika Ferdinanda, ina?e strastvenog lovca. I danas Gornje Podunavlje predstavlja jedno od najatraktivnijih lovišta visoke divlja?i u Evropi. Gotovo je nemogu?e zamisliti prostrane ritove bez brojnih krda jelena. Sa svojim rogovljem, koje svake godine pred kraj zime otpada da bi nekoliko meseci kasnije izraslo još ve?e i lepše, jelen je prizor od kojeg zastaje dah. A krv se ledi od prodorne rike u septembru, kada odrasli jeleni okupljaju hareme košuta radi parenja. Pored jelena, podru?je Gornjeg Podunavlja naseljava još 50 vrsta sisara. Tipi?ni predstavnik je divlja svinja (Sus scrofa), kojoj guste šume i obilje vode pružaju idealne uslove za razvoj. Od prirodnih retkosti tu su: divlja ma?ka (Felis silvestris), kuna belica (Martes martes), kuna zlatica (Martes foina), lasica (Mustela nivalis), jazavac (Meles meles) i vidra (Lutra lutra). Spisak sisara verovatno ?e biti proširen dabrom (Castor fiber), vrstom ?ije se naseljavanje gotovo izvesno obzirom da je pre nekoliko godina uspešno reintrodukovan u Ma?arskoj.

Gornje Podunavlje, a naro?ito njegov južni deo, Apatinski rit, spada u najbolja mrestilišta na srednjem toku Dunava. Prvenstveno zato što je izgradnjom odbrambenog nasipa ipak gotovo 5000 ha ostalo u plavnoj zoni, što predstavlja idealne terene za mrest riba; veliki broj plitkih i toplih rukavaca Dunava obraslih vegetacijom. Zahvaljuju?i tome, ihtiofauna Gornjeg Podunavlja danas broji izuzetno velik broj vrsta od kojih šest spadaju u prirodne retkosti: gav?ica (Rodeus sericeus amarus), isto?na govedarka (Gobio kessleri), ?ikov (Misgurnus fossilis), balavac (Gymnocephalus cernua), veliki vretenar (Zingel zingel) i mali vretenar (Zingel streber). Gornje Podunavlje je izuzetno atraktivno ribolovno podru?je. Kao najinteresantnije vrste isti?u se: šaran (Cyprinus carpio), smu? (Sander lucioperca), som (Silurus glanis) i štuka (Esox lucius). Danas su populacije riba Gornjeg Podunavlja dosta ugrožene. Gotovo svaka tre?a vrsta riba koja nastanjuje vode Dunava u ovim krajevima nalazi se na spisku ugroženih vrsta.

Veliko je bogatstvo faune gmizavaca, i vodozemaca, i insekata. Gornje Podunavlje, može se slobodno re?i, vrvi od života. Uopšte, ?itava niša hranidbenog lanca ispunjena je ovde "do poslednjeg mesta". Na vrhu koje se, naravno, nalazi ?ovek. Antropogeni uticaj na zivi svet Gornjeg Podunavlja izuzetno je velik, gotovo presudan, zbog ?ega izvodjenje bilo kakvih radova bez validne analize uticaja na životnu sredinu može imati samo negativne posledice.