Kapitalnu vrednost Gornjeg Podunavlja svakako čini njegova fauna, zbog koje ovo podru?je predstavlja jednu od vaznih tačaka evropskog biodiverziteta. Sami počeci zaštite Gornjeg Podunavlja nastali su iz potrebe izdvajanja ovog područja kao značajnog staništa orla belorepana (Haliaeetus albicilla) i crne rode (Ciconia nigra), dve izuzetno retke i ugrožene vrste, ovde nastanjene u izuzetnoj gustini. Za obe vrste Gornje podunavlje je stanište za oko 30% celokupne populacije na teritoriji naše zemlje. Naravno, ovo su samo dve od 248 zabeleženih vrsta ptica na području ovog prirodnog dobra, iako se sa sigurnošću može reći da je njihov broj daleko veći. Karakteristične su mešovite kolonije čaplji, koje mogu brojati više stotina gnezdećih parova. Od grabljivica, naročito je značajno gnežđenje crne lunje (Milvus migrans) i stepskog sokola (Falco cherrug). Osim za veliki broj gnezdarica, Gornje Podunavlje je izuzetno značajna tačka za migraciju populacija sa severa i severoistoka Evrope. Zimi se ovde nađe i preko 60000 primeraka raznih vrsta ptica.

Jedan od istinskih simbola Gornjeg Podunavlja i najatraktivnijih predstavnika evropske faune, jelen (Cervus elaphus), vekovima već odoleva svim pritiscima i opstaje na ovim prostorima. Šta više, brojnost jelena se u prethodnom veku povećala, ponajviše zahvaljujući istrebljenju vuka, njihovog najvećeg prirodnog neprijatelja. Čuvena ekspedicija podunavskim ritovima s kraja XIX veka, u kojoj je učestvovao i znameniti Alfred Brem, organizovana je od austijskog prestolonaslednika Ferdinanda, inače strastvenog lovca. I danas Gornje Podunavlje predstavlja jedno od najatraktivnijih lovišta visoke divljači u Evropi. Gotovo je nemoguće zamisliti prostrane ritove bez brojnih krda jelena. Sa svojim rogovljem, koje svake godine pred kraj zime otpada da bi nekoliko meseci kasnije izraslo još veće i lepše, jelen je prizor od kojeg zastaje dah. A krv se ledi od prodorne rike u septembru, kada odrasli jeleni okupljaju hareme košuta radi parenja. Pored jelena, područje Gornjeg Podunavlja naseljava još 50 vrsta sisara. Tipični predstavnik je divlja svinja (Sus scrofa), kojoj guste šume i obilje vode pružaju idealne uslove za razvoj. Od prirodnih retkosti tu su: divlja mačka (Felis silvestris), kuna belica (Martes martes), kuna zlatica (Martes foina), lasica (Mustela nivalis), jazavac (Meles meles) i vidra (Lutra lutra). Spisak sisara verovatno će biti proširen dabrom (Castor fiber), vrstom čije se naseljavanje gotovo izvesno obzirom da je pre nekoliko godina uspešno reintrodukovan u Mađarskoj.

Gornje Podunavlje, a naro?čito njegov južni deo, Apatinski rit, spada u najbolja mrestilišta na srednjem toku Dunava. Prvenstveno zato što je izgradnjom odbrambenog nasipa ipak gotovo 5000 ha ostalo u plavnoj zoni, što predstavlja idealne terene za mrest riba; veliki broj plitkih i toplih rukavaca Dunava obraslih vegetacijom. Zahvaljujući tome, ihtiofauna Gornjeg Podunavlja danas broji izuzetno velik broj vrsta od kojih šest spadaju u prirodne retkosti: gavčica (Rodeus sericeus amarus), istočna govedarka (Gobio kessleri), čikov (Misgurnus fossilis), balavac (Gymnocephalus cernua), veliki vretenar (Zingel zingel) i mali vretenar (Zingel streber). Gornje Podunavlje je izuzetno atraktivno ribolovno područje. Kao najinteresantnije vrste ističu se: šaran (Cyprinus carpio), smuđ (Sander lucioperca), som (Silurus glanis) i štuka (Esox lucius). Danas su populacije riba Gornjeg Podunavlja dosta ugrožene. Gotovo svaka treća vrsta riba koja nastanjuje vode Dunava u ovim krajevima nalazi se na spisku ugroženih vrsta.

Veliko je bogatstvo faune gmizavaca, i vodozemaca, i insekata. Gornje Podunavlje, može se slobodno reći, vrvi od života. Uopšte, čitava niša hranidbenog lanca ispunjena je ovde "do poslednjeg mesta". Na vrhu koje se, naravno, nalazi čovek. Antropogeni uticaj na zivi svet Gornjeg Podunavlja izuzetno je velik, gotovo presudan, zbog čega izvodjenje bilo kakvih radova bez validne analize uticaja na životnu sredinu može imati samo negativne posledice.