Jedno od osnovnih obeležja Specijalnog rezervata prirode "Gornje Podunavlje" čini isprepletenost ekosistema, vodenih, barsko-mocvarnih, livadskih i šumskih, koji zajedno grade jedan veliki mozaik različitih vegetacijskih formi. Takođe, na području Gornjeg Podunavlja izuzetno je izražena pojava mikroreljefnosti, što čini da i najmanje razlike u nadmorskoj visini uzrokuju razvoj i opstanak različitih vrsta. U prilog tome govori činjenica da je čitavo floristicko bogatstvo ovog područja "sabijeno" u izuzetno malom visinskom opsegu (80 - 88 m). Zbog toga svaka, pa i najmanja promena morfologije terena uslovljava sukcesiju nastanjujuće flore, što je naročito uočljivo kada su antropogeni uticaji u pitanju. Te, ljudskom oku naizgled neprimetne promene kasnije lančano vrše uticaj na čitav živi svet Gornjeg Podunavlja trajno menjajući njegov izvorni, ritski karakter.

U izuzetnom florističkom bogatstvu Gornjeg Podunavlja, dominantan uticaj ima njegova dendroflora tako da polovinu svih površina čine šumski ekosistemi. Najznačajnije vrste su hrast lužnjak (Quercus robur), bela topola (Populus alba), crna topola (Populus nigra), bela vrba (Salix alba), poljski jasen (Fraxinus angustifolia) i vez (Ulmus laevis). Ove vrste grade ekološki vredne autohtone šumske zajednice, često nazivane i ritske šume. Problem otežanog prirodnog obnavljanja šuma, sveprisutan na ovim prostorima, premoštava se dopunjavanjem veštačkim obnavljanjem od strane čoveka, što dovodi do uvećanja nivoa učešća autohtonih vrsta do procenta propisanog desetogodišnjim Programom konverzija alohtonih u autohtone šume napravljenim u saradnji sa Pokrajinskim Zavodom za zaštitu prirode.

Tipične žbunaste vrste Gornjeg Podunavlja su svib (Cornus sanguinea) i glog (Crataegus sp.) od kojih je naročito značajan panonski subendem crni glog (Crataegus nigra), prisutan naj?češće u zajednici s lužnjakom.

Tri vrste sa područja rezervata su obrađene u prvom tomu Crvene knjige flore Srbije - "Iščezli i krajnje ugroženi taksoni": rebratica (Hottonia palustris), kukurjak (Eranthis hyemalis) i borak (Hippuris vulgaris), ali je sigurno da će ovaj popis u budućnosti biti i proširen. Značajne vrste iz porodice orhideja su purpurni kaćunak (Orchis purpurea), močvarni kaćunak (Orchis laxiflora) i uskolisni kaćunak (Dactylorhiza incarnata). Reliktnog značaja je i submediteranski florni element zakržljala perunika (Iris spuria). Lokalitet Štrbac interesantan je po tome što se ovde nalazi jedino očuvano nalazište zmijskog ljutića (Ranunculus ophioglossifolius) u Vojvodini, ali i po pojavi slanih livada – slatina sa svojom halofitnom vegetacijom u kojoj se ističu bezbridnjača (Puccinellia limosa), kamforika (Camphorosma annua) i slatinska palamida (Cirsium brachycephalum). Među najlepše stanovnike rezervata svakako spadaju i brojni beli (Nymphaea alba) i žuti lokvanji (Nuphar luteum), koji su, iako neprevaziđenog estetskog značaja, pokazatelj sveopšteg zamuljavanja ovih ritova.