Rešenjem o izmenama i dopunama Rešenja o određivanju ribarskih područja  („ Službeni glasnik  R.Srbije „ , br.53/2000) , ribolovne vode zašti?ćenih prirodnih dobara su izdvojene iz ribarskih područja. Na taj način su ribolovne vode SRP „ Gornje Podunavlje „  izuzete iz ribarskog područja „Dunav I „ .

Shodno Zakonu o zaštiti prirode i Zakonu o ribarstvu, Upravljač   je  na osnovu Programa zaštite i razvoja SRP  „Gornje Podunalje„   za period 2006 – 2011, doneo  i srednjeročni program razvoja unapređenja i korišćenja  faune riba u ovom ZPD. Godišnji programi zaštite , unapređenja i korišđenja faune riba su razrada i konkretizacija planiranih aktivnosti.

Za celo područje Rezervata propisane su opšte mere zaštit  koje obezbeđuju očuvanje staništa riba, što  podrazumeva:

  • Ograničenu i strogo kontrolisanu  upotrebu hemijskih sredstava u poljoprivredi i šumarstvu
  • Usaglašavanje gazdovanja  šumama sa potrebama  očuvanja  vlažnih  staništa
  • Praćenje  i obezbeđivanje kvaliteta vode koji omogućava  opstanak  živog sveta plavne zone
  • Zaustavljanje  daljeg  širenja  plantažnih  zasada  topola na račun vlažnih staništa
  • Očuvanje  i zaštitu  prirodnih  plodišta
  • Povezivanje prirodnih plodišta  sa  Dunavom  i obezbeđenje  prirodnog  režima  plavljenja i cirkulacije  vode kroz ritove
  • Zabranu otvaranja pozajmišta  peska, gline  i šljunka
  • Zabranu isušivanja  plavnih  staništa
  • Zabranu formiranja  deponija  čvrstog i tečnog otpada kao i  zaštitu  vrsta  riba i njihovih populacija, što podrazumeva :
  1. Poribljavanje  autohtonim vrstama  riba
  2. Zabranu unošenja  alohtonih  vrsta  riba
  3. Izlov  alohtonih vrsta riba sa  prirodnih plodišta  i voda Rezervata
  4. Preduzimanje  preventivnih   i  represivnih   radnji  radi  zaštite  ribljeg  fonda od  krivolova
  5. Sprovođenje  lovostaja
  6. Primenu  Pravilnika  o sredstvima i  alatima  za ribolov
  7. Mogućnost sprovođenja  različitih  vidova  ribolova , zavisno  od režima zaštite
  8. Zabranu  ulova  ugroženih  vrsta  riba i  vrsta koje su prirodne  retkosti, po  Uredbi o zaštiti prirode.

U okviru SRP „Gornje Podunavlje„  trajno su zaštićene sledeće vrste:

Ribe:

  • Moruna – Huso huso
  • Linjak – Tinca tinca
  • Zlatni karaš – Carassius carassius
  • Čikov – Misgurnus fossilis
  • Sve vrste roda – Endotomyzon spp.
  • Sve vrste roda – Lampetra spp.
  • Veliki vretenar – Zingel  zingel
  • Mali vretenar – Zingel  streber

Rakovi:

  • Rak rečni – Astacus astacus
  • Rak potočni – Austropotamobius torrentium

Mere  zaštite ribljeg fonda su:

  • Sprečavanje prenamnožavanja vrsta koje se hrane ikrom, larvama, mlađi i odraslom ribom;
  • Poribljavanje autohtonim vrstama riba;
  • Sakupljanje obolele i uginule ribe radi suzbijanja širenja zaraze (U slučaju pojave masovnog oboljenja ili uginuća ribe zajedničke aktivnosti sa stručnim, nadležnim organima) 

Paralelno sa ovim merama i shodno veličini zaštićenog prirodnog dobra angažovana je  čuvarska služba od  5 čuvara  sa dvadesetčetvoročasovnim radnim vremenom sa dogovorenim rasporedom čuvanja i obilaska terena.

U periodu mresta u rad čuvarske službe uključeni su i čuvari sa privremenim rešenjem, kao i čuvari – volonteri iz  udruženja rekreativnih ribolovaca.